Výzkum netopýrů byl dlouhou dobu oproti jiným skupinám obratlovců opožděný. A to zejména v důsledku skrytého způsobu jejich života a noční aktivitě. Netopýry není možné pozorovat dalekohledem jako ptáky, jednotlivé druhy jsou si navíc navzájem dosti podobné. V počátcích československého výzkumu netopýrů se badatelé uchylovali i k metodám dnes těžko představitelným, jako je lov puškou. Další možností, jak se k netopýrům dostat blíže, byly zimní návštěvy podzemních prostor a sledování zvířat, která zde hibernují. Koncem 60. let 20. století pak vznikl program pravidelného sčítání netopýrů na zimovištích, přičemž všichni výzkumníci museli dodržovat jednotnou metodiku, aby získané údaje byly srovnatelné. Nejprve bylo takto sledováno 15 lokalit. Postupně se monitorovací akce rozšířila a v současné době je v ČR každoročně kontrolováno přes 600 míst – jeskyně, opuštěná důlní díla, velká sklepení i drobné sklípky, staré vojenské pevnosti a další.
Vzhledem k tomu, že tento monitoring probíhá již více než 50 let, mají odborníci k dispozici rozsáhlý datový materiál. Analýzou těchto údajů zjišťují, jak se mění početnost jednotlivých druhů. U některých druhů je v posledních letech zaznamenáván pozitivní vývoj. Nejvýrazněji přibývá vrápenců malých – zde je však třeba vzít v potaz, že početnost tohoto druhu se výrazně snížila v 70. letech 20. století, kdy byly naše populace zasaženy používáním DDT a dalších silně toxických pesticidů, které jsou dnes již naštěstí zakázané. Roli v současném trendu může hrát i oteplování klimatu. Také počty netopýrů velkých se zdají být stabilní. Naopak pokles početnosti byl v posledních letech zaznamenán u netopýra vodního a ještě výrazněji u netopýra dlouhouchého.
Možná vás napadne, zda netopýrům tyto návštěvy podzemí nevadí – zimující netopýři se přece nemají rušit? Sčítání je však k netopýrům ohleduplné. Provádí se jen jedna kontrola během zimy, přičemž odborníci pouze v rychlosti zaznamenají počty jednotlivých druhů. Jedná se o metodu bezkontaktní, údaje se získávají vizuálně. Vyrušení je tedy minimální a celkový pozitivní význam tohoto sledování určitě převažuje. Všechny získané údaje o změnách početnosti, a vlastně i pravidelná každoroční kontrola celkového stavu podzemních lokalit, jsou velmi důležité pro účinnou ochranu jednotlivých druhů netopýrů a jejich úkrytů.